Para el año 2023 se encuentran previstos 12 nuevos ingresos de control y toma de muestras de la calidad de las aguas del río Uruguay. Estas actividades de monitoreo son dirigidas por un Comité Científico perteneciente a la CARU el que se integra con dos profesionales uruguayos y dos argentinos.

El Plan de Monitoreo Integral se desarrolla en el río Uruguay a través de dos Subprogramas. El primero incluye el monitoreo de la calidad de las aguas, del sedimento y de la biota del río Uruguay en los 498 kilómetros del tramo compartido entre Uruguay y Argentina; a su vez, el Subprograma 2 comprende el monitoreo de los afluentes y descargas de establecimientos industriales, agrícolas y centros urbanos que realizan evacuaciones significativas al río Uruguay.

En la totalidad de los ingresos de control, el Comité Científico acompaña a las Autoridades de Aplicación de cada país, las que son responsables de la toma de muestras y de la operación del instrumental para las determinaciones en sitio; se trata de la Dirección Nacional de Calidad y Evaluación Ambiental (DINACEA) en el Uruguay, y la Secretaría de Ambiente de Entre Ríos (SAER) en Argentina.